Cómo usar StriderWeb — Guía rápida

1. Qué es y cómo abrirla

StriderWeb analiza secuencias de ácidos nucleicos sin instalar nada y sin enviar datos a ningún servidor: todo el cálculo ocurre en tu navegador. Para abrirla, haz doble clic en strider-web.html o arrástralo a Chrome/Safari/Firefox.

Tiene seis pestañas:

Pestaña	Para qué sirve
Secuencia	Estadísticas (longitud, %GC, Tm, MW), reverso-complemento, DNA↔RNA
Traducción / ORFs	Traducción de 6 marcos y buscador de marcos abiertos de lectura
Restricción	Mapa de enzimas de restricción, cortes y fragmentos
Dot plot	Comparar dos secuencias (o una consigo misma)
Uso de codones	Tabla de frecuencia de codones de una CDS
Archivos	Importar/exportar FASTA y GenBank

2. Flujo básico (analizar una secuencia)

Abre la pestaña Secuencia y pega tu secuencia. Puedes pegar FASTA completo: los encabezados > y los números se ignoran solos.

¿No tienes una a la mano? Pulsa Demo.

Pulsa Analizar. Verás el tipo detectado (DNA/RNA/Proteína), %GC, Tm y composición.

Para llevar esa misma secuencia a otra pestaña, usa el botón "Traer secuencia de trabajo" que aparece en Traducción, Restricción y Uso de codones.

La Tm que se muestra es válida para oligos cortos (≤60 nt) con el método nearest-neighbor (SantaLucia 1998 + sales Owczarzy 2004). Para secuencias largas no aplica.

3. Set completo de enzimas (importar REBASE)

La herramienta ya trae embebido el catálogo comercial de NEB (269 enzimas) con sitios y cortes verificados, incluidas las Tipo IIS (BsaI, BsmBI, BbsI, SapI, Esp3I…), homing (I-SceI, I-CeuI) y nickasas (Nb./Nt.). Es el set por defecto: no necesitas importar nada para trabajar.

Si además quieres el catálogo completo de REBASE (todos los proveedores, miles de enzimas) o una versión más reciente, puedes importar una sola vez un archivo oficial de REBASE. La herramienta no inventa datos: solo lee el archivo que tú descargas.

En Set de enzimas eliges: NEB comercial (269) [por defecto], Curado básico (~70), o Importadas (REBASE) si importaste un archivo.

3.1 Descarga el archivo (elige una opción)

Opción A — REBASE «withrefm» (recomendada)
Entra a rebase.neb.com → sección REBASE files → descarga link_withrefm. Incluye el campo comercial <7>, así que el filtro «solo comerciales» funciona.

Opción B — Biopython
Descarga en tu navegador el archivo Restriction_Dictionary.py de Biopython (REBASE EMBOSS, edición 2024). En un navegador normal se descarga completo.

Opción C — «bionet»
Archivo compacto link_bionet de REBASE. No trae la marca comercial, así que importa todas las del archivo.

3.2 Impórtalo en la herramienta

En la pestaña Restricción, panel "Importar set completo de enzimas (REBASE)":

En Archivo REBASE selecciona el archivo que descargaste.

Deja Filtro = "Solo comerciales" (o "Todas" si quieres el catálogo completo).

Verás un mensaje verde con cuántas enzimas se importaron. Quedan guardadas en tu navegador; no hay que reimportar cada vez.

En Set de enzimas elige "Importadas (REBASE)" y pulsa Analizar.

Si cambias de computadora o navegador, o borras los datos del sitio, tendrás que volver a importar el archivo (el set vive en el almacenamiento local de ese navegador).

Versión y vigencia. Al importar, la herramienta lee y muestra la versión de REBASE del archivo (p. ej. «REBASE 412 (2025)») y la fecha de importación. Si el set parece de un año anterior, aparece un aviso ámbar recomendando reimportar — REBASE publica varias versiones al año. Mientras no importes nada, el análisis usa un set embebido curado (verificado, pero no es el catálogo comercial completo).

4. Leer el mapa de restricción

Topología: Lineal o Circular (plásmidos).
Mostrar: filtra por enzimas de corte único, ≤2 cortes, o las que NO cortan.
Isoesquizómeros: "Colapsar por sitio" agrupa enzimas que reconocen el mismo sitio para reducir el desorden.

En la tabla, la columna Pos. reconocimiento es dónde está el sitio y Pos. de corte dónde corta. En enzimas Tipo IIS el corte cae fuera del sitio de reconocimiento — por eso ambas columnas difieren.

La columna Tipo y los colores del mapa distinguen:

Estándar / romo — corte dentro del sitio (marca completa azul).
IIS — corte desplazado fuera del sitio (BsaI, BsmBI, BbsI…).
Doble corte (IIB) — corta a ambos lados del sitio, 2 cortes por sitio (BaeI, BcgI, BsaXI, CspCI). Marca morada doble.
Nickasa — mella una sola hebra (Nb./Nt.). Se dibuja como media marca (arriba = hebra +, abajo = hebra −).

5. Digestión y gel virtual

Tras pulsar Analizar, aparece el panel Digestión y gel virtual. Sus menús solo listan las enzimas que realmente cortan la secuencia (con el número de cortes entre paréntesis).

Elige Enzima 1 y, opcionalmente, Enzima 2 (doble digestión).

Pulsa Simular digestión. Obtienes la lista de fragmentos ordenados por tamaño (la suma debe igualar la longitud total) y un gel de agarosa simulado con carril de marcador (ladder) y carril de muestra, en escala logarítmica.

Respeta la topología elegida arriba (lineal vs. circular): en circular, N cortes dan N fragmentos; en lineal, N cortes dan N+1. El gel es esquemático (escala log), no reproduce la migración exacta de un porcentaje de agarosa concreto.

6. Problemas frecuentes

Síntoma	Solución
"No hay set importado"	Importa primero un archivo REBASE (sección 3) y elige "Importadas (REBASE)" en Set de enzimas.
El archivo no se reconoce	Debe ser `withrefm`, `bionet` o `Restriction_Dictionary.py`. Otros formatos no se parsean.
El filtro "solo comerciales" no reduce nada	El formato `bionet` no trae la marca comercial; usa `withrefm` para filtrar por proveedor.
El análisis tarda con miles de enzimas	Usa los filtros "corte único" o "≤2 cortes", o colapsa isoesquizómeros.
No veo la versión nueva tras actualizar	Recarga forzando caché: Cmd+Shift+R.